注册食品公司主要分为工商注册和食品经营许可证申请两个阶段，具体流程如下：

1. 工商注册流程

1. 核名：在工商系统提交公司名称，等待审核通过。

2. 提交注册申请：上传法人、股东信息及公司章程，填写经营范围。

3. 领取营业执照：工商局审核通过后，发放营业执照。

2. 税务登记与银行开户

- 税务登记：营业执照领取后30天内，应在税务部门进行税务登记，确定纳税类型。

- 银行开户：选择合适银行开立公司基本账户，用于日常资金流转和经营管理。

3. 食品经营许可证申请

根据《食品安全法》，从事食品生产、销售或餐饮服务的公司必须申请食品经营许可证。主要步骤包括：

1. 提交申请及资料：包括场地平面图、设备清单、人员健康证明等。

2. 现场核查：相关部门会对经营场所进行实地检查，确保符合卫生标准。

3. 领取许可证：审核通过后，可正式开展食品经营业务。

4. 后续相关手续

注册食品公司后，还需注意以下事项：

- 发票申请：开具增值税专用发票或普通发票。

- 社保开户：依法为员工缴纳社保和公积金。

- 年度报告：每年按时向工商和税务部门报送年度报告。