公司减少注册资本的程序并非简单的资本减少操作，需要经过多个法律程序。具体步骤如下：

1. 股东会决议：首先，企业需召开股东会，经过股东表决通过减少注册资本的决议。根据公司法规定，股东会决议必须经过三分之二以上的股东同意。此步骤需要保证决议程序的合规性，避免未来的法律风险。

2. 公告和公示：根据相关法律规定，减资决定通过后，公司需要在企业所在地的报纸上进行公告。公告期一般为45天，目的是告知社会公众，尤其是债权人，以便其提出异议或要求清偿。

3. 债务清偿：公司在减少注册资本时需要确保所有债务得到妥善处理。公司必须清偿或与债权人达成协议，确保债权人权益不受侵害。如果公司未能清偿债务，减资程序将受到限制。

4. 向工商行政管理部门提交申请：公告期满后，公司需要向当地工商局提交减资申请，并提供相关资料，包括股东会决议、债权债务清单等。

5. 工商核准和登记：工商行政管理部门会根据提交的申请进行审核，若审核通过，则会核准公司减资，并更新公司注册资本。此时，公司需要领取新的营业执照，注册资本变更完成。

整个程序下来，减少注册资本的操作通常需要2-3个月的时间，但这也会因地区和具体情况的不同而有所差异。