第一、税率不同。
小规模需要按照3%的税率来计算增值税，或者是出售不动产征收的税率为5%。
一般纳税人的公司会根据公司销售的货物，提供的劳务来使用不同档次的税率，税率分别为13%，10%，9%，6%，涉及到出口货物可能会有零税率或者是退税的政策。

第二、发票使用区别。
小规模纳税人不管是取得的增值税普通发票还是增值税专业发票都不能抵扣增值税。
一般纳税人在获得增值税专业发票时，可以抵扣进项税，所以都会尽量要供应商开具增值税专业发票，普通发票无法完成抵扣，从而会增加公司的运营成本。

第三、税收优惠政策不同。
小规模纳税人规定了季度销售额在30万元以内，可以免征增值税，另外城建税，印花税，房产税等税费还可以减征。
一般纳税人类型的公司无法享受到这些税率方面的优惠政策。

第四、纳税申报周期不同。
一般纳税人的纳税申报按月进行，小规模纳税人的纳税申报一般按季度进行（例外：部分小规模纳税人也可申请按月申报）。
正是因为一般纳税人的会计水平比小规模纳税人更加健全，所以一般纳税人需要每月进行增值税申报，而小规模纳税人只需在一月初、月初进行增值税申报。
四月、七月初和十月初进行四份纳税申报表。