根据企业会计准则（制度）（2005前）的有关规定：房地产开发企业购入或以土地出让金方式取得的土地使用权，在尚未开发前，作为无形资产核算，并按照土地使用权年限分期摊销。房地产开发企业开发商品房时，应将土地使用权的账面价值全部转入开发成本。

因此，题中情况：

1、补计取得土地使用权投资
借：无形资产3000万元
贷：实收资本——“老股东”3000万元

2、计算土地使用权分期摊销金额
月摊销金额=3000万元/（企业取得土地使用权投资之日起剩余的使用权月数）

3、调整实际建账日之前未摊销的土地使用权
借：长期待摊费用——开办费
贷：无形资产
由于题中企业至今未开始生产经营，因此，土地使用权摊销应计入开办费。该分录金额=月摊销额*企业取得土地使用权投资之日起至实际建账日之前一个月的总月数

4、建账日当月及以后月份，正常摊销土地使用权
借：长期待摊费用——开办费
贷：无形资产
该分录金额即为月摊销额。

5、开发商品房时，结转无形资产账面价值
借：开发成本
贷：无形资产
结转后，无形资产账面余额为零。土地使用权账面价值转入开发成本后，无需再摊销。

另外，对于题中“实际双方协商价为4000万”，没有猜错的话，应当是企业受让方（即新股东）向企业转让方（即老股东）支付的股权转让款，该款项获得的1000万元的收益，与企业无关，属转让方（即老股东）的股权转让收益，由其依法纳税。在会计处理上，题中4000万元的转让款也与企业无关，企业只需将实收资本中“老股东”明细账余额转入“新股东”即可，即：
借：实收资本——“老股东”3000万元
贷：实收资本——“新股东”3000万元

关于补充问题。

首先，题中新股东目的是向老股东购买土地使用权，但是，需要注意，该土地使用权并非老股东直接拥有，而是由企业所有，再间接的为老股东拥有。因此，虽然交易双方是按照土地使用权的市场价格进行交易，但其交易仍然属于企业股权的交易。交易后，新股东也不直接拥有土地使用权，也一样通过其拥有的企业股权而间接的拥有该土地使用权。

由此，题中企业作为会计核算主体，不因股东的变更而有所改变，也就是说企业是持续存在的，其会计核算应当从企业筹建成立时开始进行，原未进行的会计核算应当进行补计。同时，由于题中的交易款属于股权转让款，因此无论转让金额有多少，均与企业无关，而是属于新老股东之间买卖企业的成交款。这就是说，企业的土地使用权原值依然为账面的3000万元，成交金额大于土地使用权账面原值的1000万元（即“增值”），不能计入企业土地使用权账面价值。总之，4000万元的成交款不应被认定为土地使用权转让款（虽然交易双方交易目的如此），而是应当认定为企业股权的转让款。

至于题中所说的“损失”是不存在的。原因在于虽然上述1000万元增值没有计入企业的账面价值，但是企业的市场价值仍然包括该1000万元的增值（假设股权交易价格4000万元是公允的）。也就是说，如果新股东又将该企业股权继续转让，则仍然可以收回该4000万元的转让款。如果新股东不再转让企业股权，而是持续经营，那么，企业利润中则就包含了该不入账的1000万元增值，而该利润属于新股东所有，也就意味着新股东享有该1000万元的增值，再如果该利润进行了分配，则新股东就实际收回了该1000万元的增值。所以，题中所说的“损失”是不存在的。

当然，企业在产品定价时如果没有考虑该1000万元增值因素的话，那么新股东的“损失”是可能出现的。比如，如果商品房建造成本（含账面土地使用权成本）为10000万元，则商品房定价不应低于11000万元（10000+1000），否则，新股东将会出现投资损失。

对于开办费的问题，根据企业会计准则（制度）（2005前）的有关规定，企业应当在开始生产经营之日，一次性转入“管理费用”科目。题中企业开始生产经营之日，可以按照商品房开始建造之日确定。